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无论选择哪种还原路径，股权还原中都会涉及名义股东和隐名股东之间的股权所有权变更。这一所有权变更，本质上是名义股东和隐名股东解除代持关系，由实际出资人显名化为注册股东，但工商和税务部门，则对这一动作则定性为股权转让。
同样被定性为股权转让，但工商和税务部门对此的实操认定还是有一定差异的。
出于减少还原中资金垫付考虑，股权还原中，名义股东和隐名股东可以签订零元转让股权的协议，在标的公司净资产不为零的情况下，这个转让价格明显偏低，对此，只要双方能出具原始的股权代持协议，并解释清楚，工商部门会视为“正常理由”，认同转让协议的有效性，予以工商变更。
但税务机关视角下，对于这种零元转让协议的看法就有明显不同了。
简单回顾下自然人股权转让涉及个税计算公式：
股权转让个税 ＝（股权转让收入-股权获得成本）×20%
股权还原时的零元转让协议，涉及个税如何计算，关键就在于税务机关对于股权转让收入和成本如何核定。
股权转让收入核定
税务机关对股权转让收入的认定，并不是简单看转让协议价格，而是依据实质重于形式原则进行核定。
《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》（2014年67号文）第十一条：符合下列情形之一的，主管税务机关可以核定股权转让收入：（一）申报的股权转让收入明显偏低且无正当理由的……第十二条：符合下列情形之一，视为股权转让收入明显偏低：（一）申报的股权转让收入低于股权对应的净资产份额的。其中，被投资企业拥有土地使用权、房屋、房地产企业未销售房产、知识产权、探矿权、采矿权、股权等资产的，申报的股权转让收入低于股权对应的净资产公允价值份额的……
对于该股权转让行为，标的企业净资产不为零，而股权转让价格为零，税务机关首先认定为“明显偏低”，税务机关有权核定转让收入，而非直接认定协议约定的转让价格。税务机关核定转让收入时，首选净资产核定法。
《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》（2014年67号文）第十四条：主管税务机关应依次按照下列方法核定股权转让收入：
（一）净资产核定法
股权转让收入按照每股净资产或股权对应的净资产份额核定。
被投资企业的土地使用权、房屋、房地产企业未销售房产、知识产权、探矿权、采矿权、股权等资产占企业总资产比例超过20%的，主管税务机关可参照纳税人提供的具有法定资质的中介机构出具的资产评估报告核定股权转让收入。
至于这个净资产额度如何确定，一般情况下是采信企业提供的资产负债表，或经审计的资产负债表。但特殊情况下，需要企业提供资产评估报告，以评估报告中的净资产数据为准。
所谓的特殊情况就是前文所述67号文14条规定的，标的企业中“土地使用权、房屋、房地产企业未销售房产、知识产权、探矿权、采矿权、股权等资产占企业总资产比例超过20%的”这种情况，因为这些非货币型资产，随时间变化其资产价值变动较大，而资产评估比财务审计更能反应准确的资产价值。
一般情况下，采用资产评估的话，净资产价值比账面上的净资产价值会有所增加，客观上会增加相关税负。但是，这里仍有一线余地，因为文件规定是“可参照”而非“应参照”，这个就属于税务机关自由裁量权范畴，有沟通余地，但也要看企业实际情况，如制造型企业，可能产生增值的主要是土地使用权，资产占比相对可控，则沟通余地较大；反之，如是股权投资企业，主要持有股权，资产占比较高，则沟通余地较小。
股权转让成本核定
股权获得成本主要包括股权原值和合理费用两项。
所谓合理费用是指股权转让时按照规定支付的有关税费，定义清晰，不再赘述。
至于股权原值，67号文也有明确定：第十五条：个人转让股权的原值依照以下方法确认：
（一）以现金出资方式取得的股权，按照实际支付的价款与取得股权直接相关的合理税费之和确认股权原值；
（四）被投资企业以资本公积、盈余公积、未分配利润转增股本，个人股东已依法缴纳个人所得税的，以转增额和相关税费之和确认其新转增股本的股权原值；
股权还原场景下，隐名股东获得股权多是以现金出资，其额度容易确定，但难点在于隐名股东的出资并非直接出资到公司，而是出资到显名股东，再以显名股东名义出资到公司，则这种情况下，隐名股东的股权原值认定就成为难点。
一种情况下，显名股东收到隐名股东的出资，均出资到公司，并进行相应增资工商变更，这种情况下，隐名股东的股权原值就体现为显名股东的不同批次入股原值，提高了显名股东的股权原值，则个税较少，从最终税负的角度看，相当于认可了隐名股东的股权原值。
另一种情况下，显名股东收到隐名股东的出资，但并未出资到公司，或未进行相应增资工商变更，那么隐名股东的股权原值就不会被税务机关认可，即使能提供股权代持协议和出资收据，但因为这些文件的内部性，税务沟通难度极大，如有相关款项的银行转让记录尚可勉强采信，如果出资过程是以现金形式交付，则基本没有认可的可能。
此外，除了原始股权获得环节之外，自然人股东在持股期间，如果公司发生了未分配利润转增资本，则股权获得成本也会相应提高。
未分配利润转让资本中的个税问题，见公众号前文《未分配利润转增资本中的所得税问题剖析》，不再赘述。
自然人股东在转增资本时，应该按用于转增的未分配利润额的20%缴纳个人所得税。因此，按前述67号文十五条“个人股东已依法缴纳个人所得税的，以转增额和相关税费之和确认其新转增股本的股权原值”规定，这部分股权原值计算时，不仅是转增资本的额度，还有对应的20%个税，两项相加，才是转增资本对应部分股权的原值。
股权还原中，因为隐名股东身份的特殊性，税务机关核定税收时有较大的自由裁量权，因此，股权代持过程中，相关股权出资、银行记录、工商登记、纳税记录等操作是否规范，都对自然人股东与税务机关的沟通能否成功有重大影响。毕竟，代持是不得已的无奈之举，但代持不等于舞弊，代持中的规范操作仍是应有之义。
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